به گزارش دیوان نیوز؛ امام در پاسخ آیت الله منتظری چنین فرمودند: از اینکه عدم آمادگی خود را برای پست قائم مقامی رهبری اعلام کرده اید پس از قبول ، صمیمانه از شما تشکر می نمایم، همه می دانند که شما حاصل عمر من بوده اید و من به شما شدیدا علاقمندم، برای اینکه اشتباهات گذشته تکرار نگردد، به شما نصیحت میکنم که بیت خود را از افراد ناصالح پاک نمایید و از رفت و آمد مخالفین نظام که به اسم علاقه به اسلام و جمهوری اسلامی خود را جا می زنند جدا جلوگیری کنید. من این تذکر را در قضیه مهدی هاشمی به شما دادم.
من صلاح شما و انقلاب را در این می بینم که شما فقیهی باشید که نظام و مردم از نظرات شما استفاده کنند و جنابعالی با درس و بحث خود حوزه و نظام را گرمی می بخشید.
(برگرفته از صفحه اول روزنامه جمهوری اسلامی 9 فروردین 1368)
متن کامل نامه امام خمینی (ره) در موافقت با استعفای آیت الله منتظری از قائم مقام رهبری بدین شرح است:
بسم الله الرحمن الرحیم
جناب حجت الاسلام و المسلمین آقای منتظری ـ دامت افاضاته
با سلام و آرزوی موفقیت برای شما، همان طور که نوشته اید رهبری نظام جمهوری اسلامی کار مشکل و مسئولیت سنگین و خطیری است که تحملی بیش از طاقت شما می خواهد. و به همین جهت، هم شما و هم من از ابتدا با انتخاب شما مخالف بودیم، و در این زمینه هر دو مثل هم فکر می کردیم. ولی خبرگان به این نتیجه رسیده بودند؛ و من هم نمی خواستم در محدودۀ قانونی آنها دخالت کنم. از اینکه عدم آمادگی خود را برای پست قائم مقامی رهبری اعلام کرده اید پس از قبول، صمیمانه از شما تشکر می نمایم. همه می دانند که شما حاصل عمر من بوده اید؛ و من به شما شدیداً علاقه مندم. برای اینکه اشتباهات گذشته تکرار نگردد، به شما نصیحت می کنم که بیت خود را از افراد ناصالح پاک نمایید؛ و از رفت و آمد مخالفین نظام، که به اسم علاقه به اسلام و جمهوری اسلامی خود را جا می زنند، جداً جلوگیری کنید. من این تذکر را در قضیۀ «مهدی هاشمی» هم به شما دادم. من صلاح شما و انقلاب را در این می بینم که شما فقیهی باشید که نظام و مردم از نظرات شما استفاده کنند. از پخش دروغهای رادیو بیگانه متأثر نباشید. مردم ما شما را خوب می شناسند، و حیله های دشمن را هم خوب درک کرده اند که با نسبتِ هر چیزی به مقامات ایران کینۀ خود را به اسلام نشان می دهند.
طلاب عزیز، ائمۀ محترم جمعه و جماعات، روزنامه ها، و رادیو ـ تلویزیون، باید برای مردم این قضیۀ ساده را روشن کنند که در اسلام مصلحت نظام از مسائلی است که مقدم بر هر چیز است، و همه باید تابع آن باشیم. جنابعالی ان شاءالله با درس و بحث خود حوزه و نظام را گرمی می بخشید. والسلام علیکم.